Die Aufarbeitung für das histologische Labor beginnt nach dem makroskopischen Zuschnitt mit der Entwässerung der Präparate. Es werden nach zahlreichen Arbeitsschritten histologische Schnitte angefertigt und HE gefärbt, die dann Patholog*innen zur Befundung vorgelegt werden. Je nach Bedarf können die Patholog*innen unterschiedlichste Spezialfärbungen anfordern, die großteils händisch angefertigt werden.
Auch die Gefrierschnittdiagnostik fällt in den Aufgabenbereich der Histologie, hier werden während einer Operation mittels spezieller Schneide- und Färbetechnik innerhalb kürzester Zeit Gewebeuntersuchungen durchgeführt und die*der Chirurgin*Chirurg kann je nach Schnellschnittdiagnose die Operation weiterführen.